1）反相色譜柱

反相色譜柱多保存在100%的甲醇或乙腈中。在存放之前，應用堵頭堵住柱接口，密封保存，以防止填充物變干。

2）正相色譜柱

如使用正相流動相，則保存在正己烷中；如為Hilic模式下使用色譜柱，則保存在100%乙腈（Zorbax NH2，Zorbax 糖分析柱），Hilic色譜柱保存在95%乙腈/5%水中。在存放之前，應用堵頭堵住柱接口，密封保存。

3）離子交換柱

100%乙腈，保存前，如果流動相是緩沖鹽溶液，需要用20-30個柱體積的甲醇或乙腈：水=50：50沖洗，再20-30個柱體積的純有機相沖洗后密封保存。

4）Hi-Plex 色譜柱

Hi-plex 色譜柱的保存，由于流動相為水，因此可用水沖洗色譜柱后，用堵頭堵住柱接口，密封，放置于4℃冰箱中冷藏保存。